澳門基督少年軍第一分隊成立的根源，可追索至1994年，當時，循道衛理聯合教會澳門堂已開始探索成立基督少年軍的可行性，然而，礙於人手不足的問題，開展計劃最終被擱置。而在兩年後，即1996年，由於下環浸信教會有意開展基督少年軍事工，計劃在該年暑假期間開辦導師訓練課程，並邀請循道衛理聯合教會澳門堂的弟兄姊妹參與，因此引起了循道衛理聯合教會澳門堂再次開展少年軍事工的興趣，惟該次導師訓練課程最終因人數不足而擱置，澳門循道衛理聯合教會再次開展少年軍的計劃亦再次擱置下來。

　　縱使兩次的開展計劃均未能成功，但循道衛理聯合教會澳門堂並未有完全放棄，在第二次開展計劃被擱置的一年後，於1997年中，循道衛理聯合教會澳門堂岑禹勤會吏，見到教會屬下的建華社區服務中心的服務對象，一班單親家庭的男孩已逐漸成長，在他們成長過程中出現了一些十分普遍的青少年問題，於是，再一次喚起了循道衛理聯合教會澳門堂開辦少年軍的決心，經過一番努力、教會弟兄姊妹的禱告和關心，終於呼召了一班對青年事工有負擔的弟兄姊妹參與基督少年軍的事奉。同年十二月，循道衛理聯合教會澳門堂正式試辦基督少年軍，在教會會址開始了第一次集隊，當時共有3位導師及6位初級組隊員。隨著澳門循道衛理聯合教會社區服務處建華家庭服務中心開幕，第一分隊在試辦數個月後，便由教會會址遷往建華家庭服務中心集隊。

經過了一年多的試辦，澳門基督少年軍第一分隊終於在1999年2月27日、建華家庭服務中心成立一週年紀念日正式成立，當時第一分隊的導師人數已由1997年的3人增至6人，隊員人數則由6人增至20多人。

　　在正式成立後，第一分隊大致上都能穩步發展，縱使每星期均有隊員離隊，但由於同時有新隊員加入，令第一分隊的人數一直維持在10至20人。而在正式成立後的兩年間，第一分隊都舉辦了數個露營、宿營及遠足活動，此外，第一分隊亦參加了不少公益活動，如：賣旗籌款等。

　　經過兩年的發展，第一分隊現有8位導師及10至20位中、初級組隊員，由於該中心的服務對象主要是一班單親家庭的男孩，因此現有的隊員全為男隊員。此外，由於資源的問題，未能開辦大量中級組的專章，所以第一分隊的十多位隊員當中，只有三分之一是中級組隊員。

　　集隊方面，現時第一分隊逢星期六下午三時至五時集隊的，而集隊內容方面主要是先有一小時步操的時間，在步操時間完畢後，中級組會有一小時的專章課程，如：基督教教育章、露營章、遠足章等。與此同時，初級組亦有一小時學習繩結、手工及聖經故事的時間。除了日常的集隊，第一分隊亦會定期舉辦露營、宿營、遠足、燒烤、生日會等活動，讓隊員學到更多不同的技能。

　　在基督教教育方面，因應大部份隊員在入隊前並未接觸基督教，第一分隊的導師會先在集隊時間向隊員講解一些基本基督教知識，當隊員參加了一段日子後，第一分隊的導師便會透過不同的方式，如：基督教教育章等，鼓勵隊員參加教會的各樣活動，使他們能在靈命上有所成長。

　　至於招募隊員方面，由於隊員的流動性十分大，因此第一分隊是採取隨時招募的方式招募隊員，當新學員嘗試集隊數星期至一個月，適應了分隊的集隊後，便會造制服及正式成為第一分隊隊員。